El CEU-Xhidza es una Comunidad de Aprendizaje inspirada en el diálogo intercultural y de saberes, en el entendido de que el conocimiento no es sólo para interpretar el mundo, sino para cambiarlo. Se busca compartir un proceso educativo de investigación y aprendizaje constante, donde la enseñanza se inspira en la experiencia propia de la vida, la cosmovisión, y la interrelación con los otros seres del que aprende, del que guía y del pueblo Xhidza (Zapoteco).

La metodología pedagógica utilizada en el centro universitario, se basa en el desempeño activo de lxs estudiantes, aprovechando las capacidades y conocimientos de cada unx para crear un proceso de aprendizaje activo y colaborativo, en el que el profesor toma el papel de guía. Se trabaja por tareas y grupos de trabajo para que lxs estudiantes construyan su propio conocimiento apoyándose en fuentes comunitarias, libros y fuentes digitales accesibles por internet. 

Para ello se trabajó en la implementación del Centro de Recursos para el Aprendizaje y la Investigación Xhidza (CRAI-Xhidza) en línea, entendido este como “un entorno dinámico en el que se integran todos los recursos que dan soporte al aprendizaje y la investigación en la universidad” (REBIUN, 2003), a través  del cual se crea un espacio digital comunitario, basado en software libre, para apoyar el proceso de formación de los y las estudiantes, el desarrollo de competencias y la aplicación de estas en un contexto real a partir del aprendizaje que estos mismos vayan construyendo, especialmente en el proceso de aprender a aprender.